С наступлением осени эти миниатюрные грызуны все реже появляются на поверхности и с середины сентября — в октябре погружаются в спячку, которая длится около шести—восьми месяцев. О спячке мышовок известно очень мало, лучше всего в этом отношении изучена лесная мышовка, о чем будет сказано ниже. Зимуют они, как правило, в земляных норах, в толще мха, в моховых кочках на глубине от 20 до 40 сантиметров. Вероятно часть их, главным образом старые зверьки, гибнут во время спячки из-за глубокого промерзания почвы или повышения уровня грунтовых вод во время зимних оттепелей. За период спячки мышовки (лесная и тянь-шанская) теряют в весе до 5 граммов, то есть до одной четверти — одной трети первоначального веса.

Покинув свои зимние убежища, мышовки становятся необыкновенно подвижными. Они почти все время проводят в поисках пищи, снуют в подстилке, обследуют отставшую кору пней, прокладывают ходы в трухлявой древесине. Сейчас им необходимо восполнить потери организма в период длительного голодания во время спячки, тем более что наступает самый ответственный период их жизни — размножение. У большинства видов первыми пробуждаются самцы и спустя некоторое время начинают интенсивный поиск самок. Период активности у этих зверьков очень короток,— каких-нибудь три-четыре месяца. За это время надо произвести и вырастить потомство, накопить достаточное количество жира и снова уйти в спячку на длительный срок. В течение года самки успевают принести только один выводок, в котором обычно бывает от двух до семи детенышей. Беременность длится удивительно долго для такого мелкого грызуна — четыре-лять недель. Но еще поразительнее продолжительность периода лактации (выкармливания молоком) и постэмбрионального развития мышовок. Достаточно сказать, что детеныши прозревают только на 25—28-й день, а молоком матери кормятся около пяти недель. Длительное пребывание в гнезде помогает молодым мышовкам впервые выйти на поверхность уже достаточно развитыми и подготовленными к самостоятельной жизни, что для зверьков с несовершенной терморегуляцией имеет немаловажное значение.

Молодые мышовки, недавно покинувшие материнское убежище, активны вечером и утром, то есть в относительно теплое время суток. Зверьки, застигнутые утренниками вне гнезда, нередко впадают в оцепенение и в это время легко становятся жертвой хищников. В августе молодые мышовки начинают расселяться, осваивать новую территорию, удаляясь от места рождения на значительное расстояние.