Надо сказать, что нередко зверьки в течение теплого периода года успевают сменить несколько стаций, переходя из одной в другую в зависимости от погодных условий и обилия корма. Так, весной и в начале лета грызунов особенно много на лугах, где влажная почва изобилует беспозвоночными, а еще не скошенные луговые растения служат и кормом и защитой от врагов. С середины лета лесные мышовки все реже встречаются на открытых местах, переселяясь в леса и заросли кустарников.

В лесах, где много естественных убежищ — пней, поваленных деревьев, валежника,— лесные мышовки обычно не роют сложные норы, в то время как в степи нередко встречаются убежища, вырытые ими (амими. Возможно, что они пользуются также брошенными норами других грызунов, более приспособленных к рытью. В большинстве случаев летние убежища лесных мышовок находятся у основания пней, в полусгнившей сухой древесине, в дерновинках лесных злакор. В подзоне смешанных и широколиственных лесов, где реже случаются возвраты холодов и поздние заморозки, зверьки часто устраивают гнезда в дуплах березовых и осиновых пней. Иногда они строят наземные гнезда из осоки, лесных трав и старых листьев. Такие гнезда особенно характерны для лесов Западной Европы, где зимы мягкие, и почва почти не промерзает. В таежной подзоне лесные мышовки в пнях и дуплах селятся редко, устраивая свои убежища под землей или в толще моховых кочек. Выходное отверстие всегда закрывают «пробочкой» из подстилки и гнилых опилок. В неволе, если в клетку не поставлено специальное убежище, зверьки роют неглубокие норки или устраивают наземные шарообразные гнезда, свитые из сухих былинок, куда затаскивают ветошь, остатки корма и нередко собирают небольшие запасы из семян и обездвиженных насекомых.

Зимовочные убежища, судя по наблюдениям в неволе, почти не отличаются от летних. Они состоят из довольно короткого хода, который на глубине 15—70 сантиметров заканчивается шарообразной гнездовой камерой, устланной подстилкой из сухой травы и мха. Известно несколько случаев зимовки лесной мышовки в гнездах на поверхности земли под лесной подстилкой.