Осенью, когда снижается температура воздуха и обычны заморозки на почве, прекращается вегетация растений и исчезают насекомые, лесные мышовки оказываются в неблагоприятных условиях, и вынуждены холодный период года проводить в спячке, которая длится шесть-восемь месяцев. Начало ее обычно совпадает с понижением температуры воздуха до шести-десяти градусов. Животные к этому времени сильно жиреют, почти удваивая свой вес, и начинают отыскивать относительно холодные и сухие участки, где устраиваются на зимовку. До сих пор еще не совсем ясно, где именно лесные мышовки проводят спячку, как выглядят в природе их зимовочные убежища. В условиях Ленинградской области аверьки, помещенные на зиму в специальных ящиках с землей и подстилкой ((высотой один метр) в открытый грунт, устраивали свои гнезда как на глубине более семидесяти сантиметров, так и на поверхности грунта под подстилкой. Судя по перезимовавшим грызунам, наиболее благоприятна для них глубина залегания в 40— 50 сантиметров. Из шестнадцати зверьков, занятых в опыте, только четыре собрались вместе в одном гнезде, остальные зимовали поодиночке. Исходя из totos что весной лесных мышовок в возрасте старше двух лет встречается значительно меньше, чем в конце лета, можно предположить, что большая часть грызунов погибает во время спячки, как то имеет место, например, у американских прыгунчиков.

Окончание спячки связано с устойчивым потеплением и окончательным сходом снега, поэтому появление зверьков на поверхности происходит в разные сроки в различных частях ареала. Раньше всего (в начале апреля) встречи лесных мышовок зарегистрированы в Алтайском крае, тогда как в средней полосе и в таежной подзоне они становятся обычными с середины мая.

Спит лесная мышовка на боку или на крестце, свернувшись в плотный шар. Лапки и нос прижаты к брюшку, хвост обвивает тело. Ушные раковины сложены и прижаты к голове. Тело зверька словно сковано и температура его заметно понижена. Поза мышовки во время спячки обычно не изменяется.

При пробуждении мышовка начинает судорожно зевать, вытягивать передние лапки и напрягать мускулатуру, при этом зверек издает слабый протяжный, часто повторяющийся один за другим писк. Затем следует частое, глубокое дыхание, потягивание. Постепенно встают уши, открываются глаза —животное просыпается. Весь процесс пробуждения занимает двадцать-тридцать минут. Проснувшись, зверек отправляется на поиски воды и корма. Координация движений восстанавливается у него не сразу; он шатается, падает, поднимается и все-таки продолжает двигаться вперед. Добравшись до воды, жадно пьет и затем начинает активно разыскивать корм.