Прорыв коротенький, в два-три сантиметра ход, зверек начинал тщательно обрабатывать свод норы. Поскольку подвижность головы карликовых тушканчиков очень ограничена (у них сросшиеся шейные позвонки), то для обработки стенок зверьку приходится ложиться то на бок, то на спину. Копая в этих странных позах, тушканчик широко расставляет задние лапки, упираясь ими в свод подземного хода. Фиксировать положение тела при рытье помогает зверьку и его хвост, который он плотно прижимает к внутренней поверхности галереи, а при рытье у входа буквально «держится» загнутым хвостиком за край норы. Как и у мышовок, хвост карликовых тушканчиков очень подвижен и способен плотно прижиматься к грунту, повторяя своей поверхностью все его неровности. Он покрыт многочисленными волосками и безусловно служит не только третьей точкой опоры, но и важным органом осязания. Во время рытья трубко-образные ушные раковины карликового пятипалого тушканчика смыкаются, закрывая наружный слуховой проход. Тяжелая «шахтерская» работа утомляет зверька, и время от времени он отдыхает, часто лежа на спине, либо выбирается наружу, чтобы оглядеться: нет ли опасности. Потревоженный в это время тушканчик никогда не прячется в норе, а стремительными прыжками отскакивает от входа и затаивается.

Первоначальным ходом, забитым землей, зверек не пользуется, а устраивает два-три малозаметных лаза, всегда закрытых пробочками из измельченного грунта. Выходя вечером на кормежку, тушканчик несколькими энергичными движениями задних лапок забрасывает вход в норку, после чего тщательно утрамбовывает землю носом, так что выход из норы становится неотличимым от окружающего субстрата. Возвращаясь после жировки, зверек очень скоро находит закрытую «дверь», в чем ему, несомненно, помогают длинные опущенные вниз вибриссы. Быстро проделав в земляной пробке небольшое отверстие, тушканчик протискивается сквозь него, вытянув назад задние лапки^ а потом, развернувшись в норе, тщательно закрывает вход изнутри. Маскировка входа в убежище, особый «ритуал» поведения при входе веро-западных Кызылкумах. В настоящее время его видовая самостоятельность некоторыми зоологами ставится под сомнение.